藏君洞为一大型天然溶洞，溶洞长25000米，已探明洞长4000m，洞内洞中有洞、洞中有河，迂回曲折，地下河流水潺潺，溶洞分布在石炭系中、上统碳酸盐岩中，洞内钟乳石十分丰富：石笋、石柱、石幔、石楼、石像比比皆是。洞内构造奇特，石钟乳千姿百态、绚丽多彩，景观奇秀，珍品奇绝，是我国少有的大型碳酸盐岩岩溶洞穴之一。目前已开发的4000m洞穴中，由十二个大的溶洞群构成，由洞口往里有护君堂、惠帝殿、两重天、南巡厅、不夜城、龙凤宫、北国厅、江南厅、江河坝、阅兵场、国宝厅等溶洞景观区。溶洞一般高5～30m，长60～100m，宽10～20m，面积60～200㎡。十二个溶洞沿地下河呈串球状分布，洞与洞之间有巷道（地下河管道）相连，溶洞中景观十分丰富，仿佛是一个瑰丽的地下宫殿。如护君堂内有“尚书帽”、“御马”、“猫头鹰”、“小羊羔”、“老夫妻”、“天宫浴盆”等景点，惠帝殿内由“断剑石”、“龙椅”、“观音立佛”、“观音莲花宝座”等，“蔬果长廊”中有形似花菜、白菜、丝瓜、茄子、黄瓜等石笋，不夜城内有乳白色石钟乳岩溶坡面，龙凤宫内有石幔、石柱琳琅满目及钟乳石构成的似汉白玉“龙凤石床”、“旭日东升”的浮雕石钟乳墙、“灯笼群”、“攀龙柱”、“石莲花”等，国宝厅巨型石柱等，巷道侧壁唐僧师徒“西天取经”壁画等，景观类型齐全，是岩溶洞穴中具有典型地学意义的岩溶地貌景观，属国家级的地质遗迹景观。
此洞的形成与区内构造关系密切。藏君洞与莲花涌泉一道属同一背斜与断裂控制，即区域蔡家边－江塘背斜转折部位之西及古塘坪－观音洞压性断裂带中段之西侧，沿断裂带西侧节理及层间裂隙发育。地下河的延伸基本沿断裂带，而溶洞发育多于层间裂隙和北东向构造裂隙关系密切。藏君洞地下水流量平均达88 L/S，而地表有岩溶洼地2个，地表水与地下河贯通，使地下河终年流水不断，因而对地下水管道周围碳酸盐岩岩溶作用不断加强，经过漫长的地史时期，形成现在的这个大溶洞。
